Chapter 5 Community composition

load("data/data.Rdata")

5.1 Taxonomy overview

Mean percentage of Bacteria and Archaea in the samples

domain_summary <- genome_counts_filt %>%
  mutate_at(vars(-genome),~./sum(.)) %>% #apply TSS normalisation
  pivot_longer(-genome, names_to = "sample", values_to = "count") %>%
  left_join(sample_metadata, by = join_by(sample == sample)) %>%
  left_join(genome_metadata, by = join_by(genome == genome)) %>%
  group_by(sample,domain) %>%
  summarise(relabun=sum(count))

domain_summary %>%
    group_by(domain) %>%
    summarise(mean=mean(relabun, na.rm=T)*100,sd=sd(relabun, na.rm=T)*100) %>%
    arrange(-mean) %>%
    tt()
tinytable_qbuwcgmaloqnrvrfbsbz
domain mean sd
d__Bacteria 99.5141306 1.71795
d__Archaea 0.4858694 1.71795 
#ggsave("figures/mtcars.png", width = 10, height = 6)
genome_counts_filt %>%
  mutate_at(vars(-genome),~./sum(.)) %>% #apply TSS nornalisation
  pivot_longer(-genome, names_to = "sample", values_to = "count") %>% #reduce to minimum number of columns
  left_join(., genome_metadata, by = join_by(genome == genome)) %>% #append genome metadata
  left_join(., sample_metadata, by = join_by(sample == sample)) %>% #append sample metadata
  filter(count > 0) %>% #filter 0 counts
#  filter(!region %in% c("Eskoriatza","Villabona")) %>% 
  mutate(season=factor(season,levels=c("spring","autumn"))) %>% 
  ggplot(., aes(x=sample,y=count, fill=phylum, group=phylum)) + #grouping enables keeping the same sorting of taxonomic units
    geom_bar(stat="identity", colour="white", linewidth=0.1, show.legend = FALSE) + #plot stacked bars with white borders
    scale_fill_manual(values=phylum_colors) +
    facet_nested(. ~ type + region+season,  scales="free") + #facet per day and treatment
    guides(fill = guide_legend(ncol = 2)) +
    theme(axis.text.x = element_blank(),
          axis.ticks.x = element_blank(),
          axis.title.x = element_blank(),
          panel.background = element_blank(),
          panel.grid.major = element_blank(),
          panel.grid.minor = element_blank(),
          axis.line = element_line(linewidth = 0.5, linetype = "solid", colour = "black"),
          panel.border = element_rect(colour = "black", fill = NA),
          strip.background = element_rect(fill = "white", color = "black"),
          strip.text = element_text(size = 8, lineheight = 0.6)) +
   labs(fill="Phylum",y = "Relative abundance",x="Samples")

Number of bacteria phyla

[1] 27

Bacteria phyla in natural ponds

                                phylum
EHA02325_bin.10         p__Bacillota_A
EHA02325_bin.13      p__Pseudomonadota
EHA02325_bin.39        p__Bacteroidota
EHA02329_bin.18   p__Verrucomicrobiota
EHA02330_bin.9      p__Cyanobacteriota
EHA02331_bin.2            p__Bacillota
EHA02336_bin.41         p__Bacillota_C
EHA02338_bin.7     p__Desulfobacterota
EHA02341_bin.14       p__Spirochaetota
EHA02343_bin.12     p__Acidobacteriota
EHA02355_bin.3          p__Bacillota_B
EHA02388_bin.85    p__Deferribacterota
EHA02392_bin.43       p__Chloroflexota
EHA02398_bin.48      p__Fusobacteriota
EHA02398_bin.53    p__Campylobacterota
EHA04294_bin.16  p__Desulfobacterota_F
EHA04302_bin.12     p__Patescibacteria
EHA04302_bin.18                p__J088
EHA04321_bin.47     p__Planctomycetota
EHA04321_bin.50        p__Omnitrophota
EHA04321_bin.55         p__Chlamydiota
EHA04321_bin.69      p__Actinomycetota
EHA04337_bin.58  p__Desulfobacterota_G
EHA04343_bin.186                   p__

Bacteria phyla in protected ponds

                              phylum
EHA02325_bin.10       p__Bacillota_A
EHA02325_bin.13    p__Pseudomonadota
EHA02325_bin.19      p__Bacteroidota
EHA02329_bin.18 p__Verrucomicrobiota
EHA02330_bin.9    p__Cyanobacteriota
EHA02331_bin.2          p__Bacillota
EHA02336_bin.41       p__Bacillota_C
EHA02338_bin.7   p__Desulfobacterota
EHA02355_bin.3        p__Bacillota_B
EHA02374_bin.97    p__Fusobacteriota
EHA02388_bin.64     p__Chloroflexota
EHA02388_bin.85  p__Deferribacterota
EHA04305_bin.59     p__Spirochaetota
EHA04352_bin.62  p__Campylobacterota

Bacteria phyla in urban ponds

                                phylum
EHA02325_bin.10         p__Bacillota_A
EHA02325_bin.13      p__Pseudomonadota
EHA02325_bin.39        p__Bacteroidota
EHA02329_bin.18   p__Verrucomicrobiota
EHA02331_bin.2            p__Bacillota
EHA02336_bin.41         p__Bacillota_C
EHA02338_bin.7     p__Desulfobacterota
EHA02340_bin.1      p__Cyanobacteriota
EHA02341_bin.14       p__Spirochaetota
EHA02341_bin.28      p__Fusobacteriota
EHA02355_bin.3          p__Bacillota_B
EHA02378_bin.75    p__Deferribacterota
EHA02398_bin.53    p__Campylobacterota
EHA04304_bin.13            p__JAKLEM01
EHA04304_bin.1      p__Patescibacteria
EHA04304_bin.21       p__Chloroflexota
EHA04321_bin.69      p__Actinomycetota
EHA04337_bin.116    p__Acidobacteriota
EHA04337_bin.35      p__Fibrobacterota
EHA04337_bin.58  p__Desulfobacterota_G
EHA04337_bin.88         p__Myxococcota
EHA04343_bin.186                   p__

Number of Archaea phyla

[1] 5

Archaea phyla in natural ponds

                               phylum
EHA02392_bin.10  p__Methanobacteriota
EHA04302_bin.11      p__Nanoarchaeota
EHA04304_bin.19     p__Halobacteriota
EHA04321_bin.111     p__Iainarchaeota
EHA04343_bin.4      p__Thermoproteota

Archaea phyla in protected ponds

                            phylum
EHA04312_bin.192 p__Halobacteriota
EHA04352_bin.100 p__Thermoproteota

Archaea phyla in urban ponds

                              phylum
EHA02392_bin.10 p__Methanobacteriota
EHA04304_bin.19    p__Halobacteriota

5.1.1 Phylum relative abundances

phylum_summary <- genome_counts_filt %>%
  mutate_at(vars(-genome),~./sum(.)) %>% #apply TSS nornalisation
  pivot_longer(-genome, names_to = "sample", values_to = "count") %>%
  left_join(sample_metadata, by = join_by(sample == sample)) %>%
  left_join(genome_metadata, by = join_by(genome == genome)) %>%
  group_by(sample,phylum,type, season) %>%
  summarise(relabun=sum(count))
phylum_arrange <- phylum_summary %>%
    group_by(phylum) %>%
    summarise(mean=mean(relabun)) %>%
    arrange(-mean) %>%
    dplyr::select(phylum) %>%
    pull()

phylum_summary %>%
    filter(phylum %in% phylum_arrange) %>%
    mutate(phylum=factor(phylum,levels=rev(phylum_arrange))) %>%
    ggplot(aes(x=relabun, y=phylum, group=phylum, color=phylum)) +
        scale_color_manual(values=phylum_colors[rev(phylum_arrange)]) +
        geom_jitter(alpha=0.5, show.legend = FALSE) + 
        theme_minimal() + 
        theme(legend.position="none") +
        labs(y="Phylum",x="Relative abundance")

5.1.1.1 Per pond

phylum_summary %>%
    group_by(phylum) %>%
    summarise(total_mean=mean(relabun*100, na.rm=T),
              total_sd=sd(relabun*100, na.rm=T),
              natural_mean=mean(relabun[type=="natural"]*100, na.rm=T),
              natural_sd=sd(relabun[type=="natural"]*100, na.rm=T),
              protected_mean=mean(relabun[type=="protected"]*100, na.rm=T),
              protected_sd=sd(relabun[type=="protected"]*100, na.rm=T),
              urban_mean=mean(relabun[type=="urban"]*100, na.rm=T),
              urban_sd=sd(relabun[type=="urban"]*100, na.rm=T))  %>%
    mutate(total=str_c(round(total_mean,2),"±",round(total_sd,2)),
           natural=str_c(round(natural_mean,2),"±",round(natural_sd,2)),
           protected=str_c(round(protected_mean,2),"±",round(protected_sd,2)),
           urban=str_c(round(urban_mean,2),"±",round(urban_sd,2))) %>% 
    arrange(-total_mean) %>% 
    dplyr::select(phylum,total,natural,protected,urban) %>% 
    tt()
tinytable_bu02c9llr54ihbizbj9y
phylum total natural protected urban
p__Bacteroidota 53.53±20.47 50.72±21.6 57.47±21.28 53.47±17.18
p__Bacillota_A 15.07±11.48 11.93±9.38 19.02±15.51 15.52±6.64
p__Pseudomonadota 13.1±18.44 15.4±21.12 11.62±18.14 10.95±13.43
p__Bacillota 5.62±7.54 7.41±9.62 3.76±4.74 4.85±5.6
p__Verrucomicrobiota 4.16±5.07 5.14±5.61 3.09±4.44 3.82±4.69
p__Desulfobacterota 2.11±2.92 1.51±1.68 1.51±1.92 3.91±4.59
p__Cyanobacteriota 1.4±6.77 2.03±9.69 1.08±4.04 0.69±0.83
p__Chloroflexota 1.04±3.88 1.23±2.97 0.69±3.69 1.13±5.38
p__Fusobacteriota 0.52±1.23 0.26±0.51 0.45±1.36 1.05±1.74
p__Myxococcota 0.5±4.84 0±0 0±0 2.02±9.68
p__Bacillota_C 0.47±0.77 0.39±0.72 0.71±1.04 0.31±0.27
p__Patescibacteria 0.37±1.58 0.81±2.31 0±0 0.1±0.46
p__Acidobacteriota 0.34±1.44 0.58±2 0±0 0.33±1.11
p__Deferribacterota 0.31±0.9 0.52±1.33 0.12±0.21 0.17±0.24
p__Bacillota_B 0.24±0.36 0.08±0.22 0.32±0.31 0.43±0.48
p__Desulfobacterota_F 0.23±1.04 0.53±1.54 0±0 0±0
p__Halobacteriota 0.21±1.41 0.09±0.27 0.04±0.18 0.62±2.8
p__Planctomycetota 0.17±1.16 0.39±1.75 0±0 0±0
p__Thermoproteota 0.15±0.55 0.28±0.78 0.1±0.29 0±0
p__Nanoarchaeota 0.07±0.65 0.17±0.99 0±0 0±0
p__Spirochaetota 0.07±0.31 0.02±0.07 0.02±0.09 0.24±0.59
p__Campylobacterota 0.06±0.3 0.1±0.43 0.01±0.03 0.07±0.22
p__Methanobacteriota 0.04±0.28 0.09±0.42 0±0 0.01±0.05
p__Actinomycetota 0.04±0.2 0.08±0.3 0±0 0.01±0.02
p__Fibrobacterota 0.04±0.35 0±0 0±0 0.14±0.69
p__ 0.04±0.29 0.07±0.44 0±0 0.02±0.09
p__Chlamydiota 0.03±0.14 0.06±0.21 0±0 0±0
p__Desulfobacterota_G 0.03±0.2 0.01±0.08 0±0 0.08±0.39
p__J088 0.02±0.11 0.05±0.17 0±0 0±0
p__Iainarchaeota 0.01±0.1 0.03±0.15 0±0 0±0
p__JAKLEM01 0.01±0.11 0±0 0±0 0.05±0.22
p__Omnitrophota 0.01±0.05 0.02±0.07 0±0 0±0 
phylum_summary %>%
  filter(phylum %in% phylum_arrange) %>%
  mutate(phylum=factor(phylum,levels=rev(phylum_arrange))) %>%
  filter(relabun > 0) %>%
  ggplot(aes(x=relabun, y=phylum, group=phylum, color=phylum)) +
  scale_color_manual(values=phylum_colors[-8]) +
  geom_jitter(alpha=0.5, show.legend = FALSE) + 
  facet_grid(.~type)+
  theme_minimal() + 
  labs(y="Family", x="Relative abundance", color="Phylum")

5.1.1.2 Per pond

phylum_summary %>%
    group_by(phylum) %>% 
    summarise(total_mean=mean(relabun*100, na.rm=T),
              total_sd=sd(relabun*100, na.rm=T),
              spring_mean=mean(relabun[season=="spring"]*100, na.rm=T),
              spring_sd=sd(relabun[season=="spring"]*100, na.rm=T),
              autumn_mean=mean(relabun[season=="autumn"]*100, na.rm=T),
              autumn_sd=sd(relabun[season=="autumn"]*100, na.rm=T))  %>%
    mutate(total=str_c(round(total_mean,2),"±",round(total_sd,2)),
           spring=str_c(round(spring_mean,2),"±",round(spring_sd,2)),
           autumn=str_c(round(autumn_mean,2),"±",round(autumn_sd,2))) %>% 
    arrange(-total_mean) %>% 
    dplyr::select(phylum,total,spring,autumn) %>% 
    tt()
tinytable_3supkc5ah35bjpvqt5dt
phylum total spring autumn
p__Bacteroidota 53.53±20.47 49.04±16.42 55.93±22.09
p__Bacillota_A 15.07±11.48 17.89±9.58 13.56±12.18
p__Pseudomonadota 13.1±18.44 15.38±16.87 11.89±19.25
p__Bacillota 5.62±7.54 5.54±5.29 5.66±8.54
p__Verrucomicrobiota 4.16±5.07 5.09±5.05 3.67±5.05
p__Desulfobacterota 2.11±2.92 2.64±2.09 1.83±3.26
p__Cyanobacteriota 1.4±6.77 1.34±3.83 1.43±7.93
p__Chloroflexota 1.04±3.88 1.11±4.11 1±3.78
p__Fusobacteriota 0.52±1.23 0.31±0.53 0.62±1.47
p__Myxococcota 0.5±4.84 0±0 0.77±6
p__Bacillota_C 0.47±0.77 0.43±0.77 0.49±0.78
p__Patescibacteria 0.37±1.58 0±0 0.57±1.93
p__Acidobacteriota 0.34±1.44 0.39±1.58 0.31±1.37
p__Deferribacterota 0.31±0.9 0.21±0.23 0.36±1.11
p__Bacillota_B 0.24±0.36 0.29±0.34 0.22±0.37
p__Desulfobacterota_F 0.23±1.04 0.08±0.37 0.31±1.26
p__Halobacteriota 0.21±1.41 0.02±0.05 0.31±1.75
p__Planctomycetota 0.17±1.16 0±0 0.26±1.44
p__Thermoproteota 0.15±0.55 0.06±0.25 0.2±0.65
p__Nanoarchaeota 0.07±0.65 0±0 0.11±0.81
p__Spirochaetota 0.07±0.31 0.13±0.43 0.04±0.22
p__Campylobacterota 0.06±0.3 0.04±0.13 0.08±0.36
p__Methanobacteriota 0.04±0.28 0.03±0.11 0.05±0.34
p__Actinomycetota 0.04±0.2 0±0 0.06±0.24
p__Fibrobacterota 0.04±0.35 0±0 0.06±0.43
p__ 0.04±0.29 0±0 0.05±0.36
p__Chlamydiota 0.03±0.14 0±0 0.04±0.18
p__Desulfobacterota_G 0.03±0.2 0±0 0.04±0.25
p__J088 0.02±0.11 0±0 0.03±0.14
p__Iainarchaeota 0.01±0.1 0±0 0.02±0.12
p__JAKLEM01 0.01±0.11 0±0 0.02±0.14
p__Omnitrophota 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06 
phylum_summary %>%
  filter(phylum %in% phylum_arrange) %>%
  mutate(phylum=factor(phylum,levels=rev(phylum_arrange))) %>%
  filter(relabun > 0) %>%
  ggplot(aes(x=relabun, y=phylum, group=phylum, color=phylum)) +
  scale_color_manual(values=phylum_colors[-8]) +
  geom_jitter(alpha=0.5, show.legend = FALSE) + 
  facet_grid(.~season)+
  theme_minimal() + 
  labs(y="Family", x="Relative abundance", color="Phylum")

5.1.2 Family relative abundances

family_summary <- genome_counts_filt %>%
  mutate_at(vars(-genome),~./sum(.)) %>% #apply TSS nornalisation
  pivot_longer(-genome, names_to = "sample", values_to = "count") %>% #reduce to minimum number of columns
  left_join(sample_metadata, by = join_by(sample == sample)) %>% #append sample metadata
  left_join(., genome_metadata, by = join_by(genome == genome)) %>% #append genome metadata
  group_by(sample,family, type, region, season) %>%
  summarise(relabun=sum(count))

family_summary %>%
    left_join(genome_metadata %>% dplyr::select(family,phylum) %>% unique(),by=join_by(family==family)) %>%
#    left_join(sample_metadata,by=join_by(sample==sample)) %>%
    filter(family %in% family_arrange[1:20]) %>%
    mutate(family=factor(family,levels=rev(family_arrange[1:20]))) %>%
    filter(relabun > 0) %>%
    ggplot(aes(x=relabun, y=family, group=family, color=phylum)) +
        scale_color_manual(values=phylum_colors[-8]) +
        geom_jitter(alpha=0.5) + 
        theme_minimal() + 
        labs(y="Family", x="Relative abundance", color="Phylum")

5.1.2.1 Per pond

family_summary %>%
    group_by(family) %>%
    summarise(total_mean=mean(relabun*100, na.rm=T),
              total_sd=sd(relabun*100, na.rm=T),
              natural_mean=mean(relabun[type=="natural"]*100, na.rm=T),
              natural_sd=sd(relabun[type=="natural"]*100, na.rm=T),
              protected_mean=mean(relabun[type=="protected"]*100, na.rm=T),
              protected_sd=sd(relabun[type=="protected"]*100, na.rm=T),
              urban_mean=mean(relabun[type=="urban"]*100, na.rm=T),
              urban_sd=sd(relabun[type=="urban"]*100, na.rm=T))  %>%
    mutate(total=str_c(round(total_mean,2),"±",round(total_sd,2)),
           natural=str_c(round(natural_mean,2),"±",round(natural_sd,2)),
           protected=str_c(round(protected_mean,2),"±",round(protected_sd,2)),
           urban=str_c(round(urban_mean,2),"±",round(urban_sd,2))) %>% 
    arrange(-total_mean) %>% 
    dplyr::select(family,total,natural,protected,urban) %>% 
    tt()
tinytable_6yrtlfclfthv5pxwhyey
family total natural protected urban
f__Rikenellaceae 19.24±15.88 21.56±16 16.39±18.36 18.8±11.83
f__Bacteroidaceae 17.76±15.59 13.58±15.39 24.32±16.86 16.77±11.57
f__Tannerellaceae 8.3±7.4 5.02±6.44 11.2±8.17 10.33±5.71
f__Lachnospiraceae 4.6±4.74 2.96±3.69 6.66±6.02 4.87±3.47
f__Mycoplasmoidaceae 4.22±6.93 5.61±8.92 2.78±4.29 3.63±5.26
f__Aeromonadaceae 4.15±10.69 3.35±9.89 4.22±9.85 5.47±13.15
f__Ruminococcaceae 4.08±3.91 4.28±4.41 3.9±3.98 3.97±2.91
f__Marinifilaceae 3±3.32 1.91±2.49 3.93±4.15 3.73±2.97
f__Akkermansiaceae 2.9±4.04 2.81±3.77 2.97±4.33 2.97±4.31
f__Enterobacteriaceae 2.67±6.28 2.28±5.65 3.73±8.03 2.03±4.75
f__ 2.22±2.48 2.37±2.89 2.02±2.22 2.21±2.06
f__Clostridiaceae 2.14±3.23 1.67±1.76 2.37±5 2.65±2.24
f__Desulfovibrionaceae 1.73±1.88 1.49±1.68 1.51±1.92 2.44±2.03
f__Chlorobiaceae 1.52±9.28 3.48±13.92 0±0 0.02±0.07
f__Chromatiaceae 1.33±5.58 2.36±7.66 0.76±4.07 0.27±0.66
f__Butyricicoccaceae 1.32±5.64 0.44±0.85 3.28±9.8 0.39±0.86
f__Erysipelotrichaceae 1.25±2.02 1.62±2.77 0.87±1.09 1.08±1.15
f__Diplorickettsiaceae 0.99±8.81 2.21±13.36 0.03±0.11 0.08±0.25
f__Cellulosilyticaceae 0.69±1.35 0.42±0.72 0.34±0.73 1.59±2.2
f__FACHB-T130 0.68±6.41 1.57±9.72 0±0 0±0
f__CAG-239 0.64±1.08 0.33±0.46 0.89±1.55 0.86±1.04
f__VadinHA17 0.55±1.87 0.99±2.41 0±0 0.48±1.85
f__Methylococcaceae 0.55±3.81 1.26±5.75 0±0 0±0
f__Fusobacteriaceae 0.52±1.23 0.26±0.51 0.45±1.36 1.05±1.74
f__Polyangiaceae 0.5±4.84 0±0 0±0 2.02±9.68
f__EnvOPS12 0.47±1.77 0.71±1.82 0.09±0.48 0.53±2.55
f__Oscillospiraceae 0.41±0.45 0.28±0.36 0.6±0.56 0.4±0.34
f__Rhodocyclaceae 0.41±2.05 0.88±3.06 0±0 0.09±0.2
f__Gastranaerophilaceae 0.39±0.67 0.3±0.62 0.31±0.56 0.64±0.81
f__Anaerovoracaceae 0.37±0.46 0.39±0.54 0.25±0.32 0.48±0.44
f__Pumilibacteraceae 0.34±1.11 0.57±1.61 0.15±0.22 0.2±0.5
f__P3 0.34±0.64 0.36±0.53 0.27±0.67 0.39±0.78
f__UBA1997 0.34±0.81 0.32±0.72 0.1±0.3 0.67±1.2
f__Mucispirillaceae 0.31±0.9 0.52±1.33 0.12±0.21 0.17±0.24
f__CAIVKH01 0.3±2.01 0.69±3.03 0±0 0±0
f__UBA3637 0.3±0.65 0.18±0.52 0.36±0.74 0.45±0.74
f__UBA11358 0.28±1.11 0.65±1.62 0±0 0±0
f__Peptostreptococcaceae 0.26±0.66 0.3±0.51 0.33±1 0.1±0.17
f__Burkholderiaceae_B 0.26±1.3 0.3±1.53 0±0 0.52±1.65
f__Methylomonadaceae 0.25±1.68 0.57±2.53 0±0.01 0±0
f__Competibacteraceae 0.25±2.33 0.01±0.05 0.77±4.15 0.01±0.04
f__Chitinophagaceae 0.25±1.22 0.57±1.81 0±0 0.01±0.03
f__Peptococcaceae 0.24±0.36 0.08±0.22 0.32±0.31 0.43±0.48
f__CHK158-818 0.23±0.4 0.13±0.3 0.18±0.26 0.47±0.58
f__Muribaculaceae 0.22±0.37 0.31±0.45 0.1±0.22 0.23±0.32
f__SHND01 0.21±1.4 0.48±2.1 0±0 0±0
f__Chromobacteriaceae 0.2±1.39 0.44±2.1 0±0 0.04±0.12
f__Smithellaceae 0.19±1.78 0±0 0±0 0.78±3.55
f__Chloroflexaceae 0.19±1.8 0±0 0.6±3.21 0±0
f__UBA6186 0.17±1.46 0±0 0.51±2.59 0.03±0.12
f__Pseudopelobacteraceae 0.17±0.98 0.38±1.46 0±0 0±0
f__Microcystaceae_B 0.17±1.54 0.01±0.05 0.51±2.74 0±0
f__Saprospiraceae 0.16±0.89 0.37±1.33 0±0 0±0
f__Succinispiraceae 0.14±0.24 0.17±0.27 0.04±0.11 0.22±0.26
f__Anaerotignaceae 0.14±0.24 0.12±0.26 0.14±0.21 0.18±0.22
f__Prolixibacteraceae 0.14±0.71 0.16±0.5 0±0 0.26±1.26
f__Palsa-965 0.13±0.89 0.3±1.33 0±0 0±0
f__UBA4823 0.13±1.22 0±0 0±0 0.51±2.44
f__Opitutaceae 0.13±1.2 0±0 0±0 0.5±2.41
f__Microcoleaceae 0.12±0.81 0.09±0.48 0.26±1.33 0±0
f__UBA3700 0.12±0.44 0.08±0.21 0.19±0.71 0.11±0.24
f__B-1AR 0.12±0.81 0.1±0.56 0±0 0.3±1.44
f__Massilibacillaceae 0.12±0.56 0±0 0.34±0.97 0.04±0.16
f__UBA5066 0.11±0.78 0.26±1.17 0±0 0±0
f__HGW-15 0.1±0.78 0±0 0±0 0.41±1.55
f__UBA5704 0.1±0.96 0.23±1.45 0±0 0±0
f__Planctomycetaceae 0.1±0.94 0.23±1.43 0±0 0±0
f__Methanoregulaceae 0.09±0.74 0.03±0.19 0±0 0.3±1.45
f__Staskawiczbacteraceae 0.09±0.77 0.2±1.17 0±0 0±0
f__B-17BO 0.08±0.54 0.19±0.82 0±0 0±0
f__CAG-465 0.07±0.36 0±0 0.17±0.59 0.09±0.25
f__Paludibacteraceae 0.07±0.56 0.04±0.25 0±0 0.23±1.07
f__GW2011-AR1 0.07±0.65 0.17±0.99 0±0 0±0
f__UBA10030 0.07±0.42 0.17±0.62 0±0 0±0
f__Methanotrichaceae 0.07±0.68 0±0 0±0 0.29±1.35
f__UBA932 0.07±0.19 0.03±0.11 0.08±0.23 0.13±0.24
f__Ignavibacteriaceae 0.07±0.58 0.16±0.88 0±0 0±0
f__Acutalibacteraceae 0.07±0.39 0.13±0.58 0.03±0.13 0±0
f__CAIRTM01 0.06±0.39 0.15±0.59 0±0 0±0
f__OLB5 0.06±0.35 0.14±0.52 0±0 0±0
f__Beijerinckiaceae 0.06±0.28 0.14±0.42 0±0 0±0
f__Victivallaceae 0.06±0.28 0.02±0.06 0±0 0.2±0.54
f__UBA4417 0.06±0.33 0.13±0.5 0±0 0±0
f__Methylophilaceae 0.06±0.29 0.11±0.43 0±0 0.03±0.08
f__UBA3830 0.06±0.15 0.04±0.08 0.02±0.08 0.13±0.26
f__UBA12108 0.05±0.43 0.12±0.65 0±0 0±0
f__TH1-2 0.05±0.31 0.11±0.47 0±0 0±0
f__Shewanellaceae 0.05±0.22 0.03±0.2 0.09±0.3 0.02±0.07
f__F082 0.05±0.37 0.11±0.57 0±0 0±0
f__Arcobacteraceae 0.05±0.28 0.1±0.43 0.01±0.03 0±0.01
f__WRBN01 0.04±0.26 0.01±0.04 0±0 0.17±0.51
f__Methanocorpusculaceae 0.04±0.16 0.06±0.2 0.04±0.18 0.03±0.06
f__Acidobacteriaceae 0.04±0.41 0±0 0±0 0.17±0.82
f__Hepatoplasmataceae 0.04±0.29 0.04±0.26 0±0 0.1±0.48
f__Methanobacteriaceae 0.04±0.28 0.09±0.42 0±0 0.01±0.05
f__UBA660 0.04±0.23 0.04±0.26 0.07±0.29 0±0.02
f__DYRC01 0.04±0.39 0±0 0±0 0.16±0.79
f__RUG14156 0.04±0.23 0.06±0.33 0±0 0.05±0.14
f__JADJPG01 0.04±0.27 0.09±0.41 0±0 0±0
f__SZUA-47 0.04±0.22 0.09±0.33 0±0 0±0
f__Pyrinomonadaceae 0.04±0.24 0.09±0.37 0±0 0±0
f__LL51 0.04±0.17 0.01±0.05 0.1±0.29 0±0
f__Pirellulaceae 0.04±0.29 0.08±0.44 0±0 0±0
f__FEN-979 0.04±0.21 0.08±0.31 0±0 0±0
f__UBA9973 0.03±0.15 0.05±0.18 0±0 0.04±0.18
f__Rhizobiaceae 0.03±0.15 0.07±0.22 0±0 0±0
f__SHXO01 0.03±0.14 0.07±0.21 0±0 0±0
f__Rhabdochlamydiaceae 0.03±0.14 0.06±0.21 0±0 0±0
f__2-12-FULL-35-15 0.03±0.22 0.06±0.33 0±0 0±0
f__Aestuariivirgaceae 0.03±0.11 0.06±0.17 0±0 0±0
f__Syntrophorhabdaceae 0.03±0.2 0.01±0.08 0±0 0.08±0.39
f__Sedimentibacteraceae 0.03±0.07 0.01±0.03 0.06±0.11 0.02±0.07
f__UBA2023 0.02±0.2 0.06±0.31 0±0 0±0
f__Coprobacillaceae 0.02±0.07 0.03±0.06 0.03±0.1 0±0.01
f__Spirosomaceae 0.02±0.12 0.03±0.15 0.03±0.11 0±0
f__UBA3375 0.02±0.11 0.05±0.16 0±0 0.01±0.02
f__Sphingomonadaceae 0.02±0.11 0.05±0.16 0±0 0±0
f__Thermoanaerobaculaceae 0.02±0.22 0±0 0±0 0.09±0.43
f__Fen-1058 0.02±0.2 0±0 0±0 0.09±0.39
f__DUVY01 0.02±0.06 0.02±0.05 0.03±0.08 0.02±0.06
f__UBA927 0.02±0.1 0.04±0.14 0±0 0.02±0.1
f__JAAUTT01 0.02±0.12 0.05±0.17 0±0 0±0
f__GWF2-50-10 0.02±0.13 0.05±0.2 0±0 0±0
f__UBA3254 0.02±0.13 0.04±0.2 0±0 0±0
f__GWA2-36-10 0.02±0.15 0.04±0.22 0±0 0±0
f__JAAYKM01 0.02±0.18 0±0 0±0 0.08±0.36
f__SG8-41 0.02±0.15 0.04±0.22 0±0 0±0
f__Crocinitomicaceae 0.02±0.12 0±0 0±0 0.07±0.24
f__Holophagaceae 0.02±0.18 0±0 0±0 0.07±0.35
f__Absconditicoccaceae 0.02±0.15 0.04±0.23 0±0 0±0
f__Rectinemataceae 0.02±0.17 0±0 0±0 0.07±0.34
f__Ilumatobacteraceae 0.02±0.12 0.04±0.18 0±0 0±0
f__UBA6016 0.02±0.11 0±0 0±0 0.07±0.21
f__Lutisporaceae 0.02±0.04 0.01±0.03 0.01±0.03 0.04±0.06
f__4484-276 0.02±0.1 0.04±0.16 0±0 0±0
f__Terrimicrobiaceae 0.02±0.06 0.03±0.09 0±0 0±0.02
f__UBA4778 0.02±0.09 0.02±0.08 0±0 0.03±0.14
f__Eubacteriaceae 0.02±0.05 0±0 0.02±0.04 0.04±0.09
f__SPBP01 0.01±0.09 0.03±0.13 0±0 0±0
f__Gemmataceae 0.01±0.14 0.03±0.21 0±0 0±0
f__UBA1568 0.01±0.1 0.03±0.16 0±0 0±0
f__XYD1-FULL-46-19 0.01±0.11 0.03±0.16 0±0 0±0
f__UBA920 0.01±0.1 0.03±0.15 0±0 0±0
f__CAG-508 0.01±0.08 0.02±0.12 0±0.02 0.01±0.03
f__Steroidobacteraceae 0.01±0.08 0.03±0.11 0±0 0±0
f__JAAZKV01 0.01±0.1 0.03±0.15 0±0 0±0
f__UBA5976 0.01±0.08 0.03±0.11 0±0 0±0.02
f__Burkholderiaceae_A 0.01±0.09 0.03±0.14 0±0 0±0
f__JAKLEM01 0.01±0.11 0±0 0±0 0.05±0.22
f__Brevinemataceae 0.01±0.07 0.01±0.06 0.02±0.09 0±0
f__Amoebophilaceae 0.01±0.05 0.02±0.07 0±0 0±0
f__Profunditerraquicolaceae 0.01±0.05 0.02±0.07 0±0 0±0
f__JAGOQP01 0.01±0.09 0±0 0±0 0.04±0.17
f__Mycoplasmataceae 0.01±0.06 0±0 0±0 0.04±0.11
f__Microbacteriaceae 0.01±0.06 0.02±0.08 0±0 0±0.01
f__UBA1709 0.01±0.08 0.02±0.12 0±0 0±0
f__UBA1820 0.01±0.02 0.01±0.02 0.01±0.02 0.01±0.02
f__Burkholderiaceae 0.01±0.03 0.01±0.04 0±0 0±0.01
f__JAGQMS01 0.01±0.03 0.02±0.05 0±0 0±0
f__Tenuifilaceae 0.01±0.05 0.01±0.07 0±0 0±0
f__UBA5272 0.01±0.05 0.01±0.07 0±0 0±0
f__Flavobacteriaceae 0.01±0.05 0.01±0.07 0±0 0±0
f__Moraxellaceae 0±0.04 0±0 0.02±0.06 0±0
f__Zambryskibacteraceae 0±0.04 0.01±0.06 0±0 0±0
f__JAFDDL01 0±0.04 0±0 0±0 0.02±0.09
f__2-12-FULL-60-25 0±0.02 0.01±0.04 0±0 0±0
f__UBA12049 0±0.03 0.01±0.04 0±0 0±0
f__PALSA-1337 0±0.02 0.01±0.03 0±0 0±0
f__CAIOMD01 0±0.01 0±0.02 0±0 0±0 
family_arrange <- family_summary %>%
    group_by(family) %>%
    summarise(mean=sum(relabun)) %>%
    arrange(-mean) %>%
    dplyr::select(family) %>%
    pull()

family_summary %>%
    left_join(genome_metadata %>% dplyr::select(family,phylum) %>% unique(),by=join_by(family==family)) %>%
#    left_join(sample_metadata,by=join_by(sample==sample)) %>%
    filter(family %in% family_arrange[1:20]) %>%
    mutate(family=factor(family,levels=rev(family_arrange[1:20]))) %>%
    filter(relabun > 0) %>%
    ggplot(aes(x=relabun, y=family, group=family, color=phylum)) +
        scale_color_manual(values=phylum_colors[-8]) +
        geom_jitter(alpha=0.5) + 
        facet_grid(.~type)+
        theme_minimal() + 
        labs(y="Family", x="Relative abundance", color="Phylum")

# Per origin
# family_summary %>%
#     left_join(genome_metadata %>% dplyr::select(family,phylum) %>% unique(),by=join_by(family==family)) %>%
# #    left_join(sample_metadata,by=join_by(sample==sample)) %>%
#     filter(family %in% family_arrange[1:20]) %>%
#     mutate(family=factor(family,levels=rev(family_arrange[1:20]))) %>%
#     filter(relabun > 0) %>%
#     ggplot(aes(x=relabun, y=family, group=family, color=phylum)) +
#         scale_color_manual(values=phylum_colors[-8]) +
#         geom_jitter(alpha=0.5) + 
#         facet_grid(.~region)+
#         theme_minimal() + 
#         labs(y="Family", x="Relative abundance", color="Phylum")

5.1.2.2 Per season

family_summary %>%
    group_by(family) %>% 
    summarise(total_mean=mean(relabun*100, na.rm=T),
              total_sd=sd(relabun*100, na.rm=T),
              spring_mean=mean(relabun[season=="spring"]*100, na.rm=T),
              spring_sd=sd(relabun[season=="spring"]*100, na.rm=T),
              autumn_mean=mean(relabun[season=="autumn"]*100, na.rm=T),
              autumn_sd=sd(relabun[season=="autumn"]*100, na.rm=T))  %>%
    mutate(total=str_c(round(total_mean,2),"±",round(total_sd,2)),
           spring=str_c(round(spring_mean,2),"±",round(spring_sd,2)),
           autumn=str_c(round(autumn_mean,2),"±",round(autumn_sd,2))) %>% 
    arrange(-total_mean) %>% 
    dplyr::select(family,total,spring,autumn) %>% 
    tt()
tinytable_1p8nr6mg4wwd5dwrgsd4
family total spring autumn
f__Rikenellaceae 19.24±15.88 21.24±11.62 18.17±17.74
f__Bacteroidaceae 17.76±15.59 12.4±8.63 20.62±17.65
f__Tannerellaceae 8.3±7.4 7.78±5.55 8.57±8.24
f__Lachnospiraceae 4.6±4.74 4.99±5.37 4.4±4.4
f__Mycoplasmoidaceae 4.22±6.93 4.36±4.98 4.15±7.82
f__Aeromonadaceae 4.15±10.69 4.36±9.73 4.04±11.25
f__Ruminococcaceae 4.08±3.91 6.17±4.42 2.97±3.11
f__Marinifilaceae 3±3.32 4.8±3.78 2.04±2.61
f__Akkermansiaceae 2.9±4.04 3.9±4.69 2.37±3.58
f__Enterobacteriaceae 2.67±6.28 3.18±7.34 2.4±5.69
f__ 2.22±2.48 2.83±2.55 1.89±2.4
f__Clostridiaceae 2.14±3.23 2.22±2.57 2.09±3.55
f__Desulfovibrionaceae 1.73±1.88 2.63±2.09 1.25±1.57
f__Chlorobiaceae 1.52±9.28 0±0 2.33±11.44
f__Chromatiaceae 1.33±5.58 2.04±6.47 0.95±5.07
f__Butyricicoccaceae 1.32±5.64 0.78±1.39 1.61±6.91
f__Erysipelotrichaceae 1.25±2.02 1.05±1.03 1.35±2.39
f__Diplorickettsiaceae 0.99±8.81 0±0 1.52±10.91
f__Cellulosilyticaceae 0.69±1.35 0.66±0.83 0.7±1.57
f__FACHB-T130 0.68±6.41 0±0 1.05±7.94
f__CAG-239 0.64±1.08 1.18±1.46 0.35±0.66
f__VadinHA17 0.55±1.87 0.03±0.17 0.83±2.27
f__Methylococcaceae 0.55±3.81 1.35±6.41 0.12±0.59
f__Fusobacteriaceae 0.52±1.23 0.31±0.53 0.62±1.47
f__Polyangiaceae 0.5±4.84 0±0 0.77±6
f__EnvOPS12 0.47±1.77 0.08±0.46 0.67±2.14
f__Oscillospiraceae 0.41±0.45 0.59±0.47 0.32±0.41
f__Rhodocyclaceae 0.41±2.05 0.15±0.63 0.54±2.5
f__Gastranaerophilaceae 0.39±0.67 0.49±0.65 0.33±0.67
f__Anaerovoracaceae 0.37±0.46 0.45±0.49 0.32±0.44
f__Pumilibacteraceae 0.34±1.11 0.64±1.77 0.19±0.4
f__P3 0.34±0.64 0.51±0.7 0.25±0.59
f__UBA1997 0.34±0.81 0.31±0.64 0.35±0.89
f__Mucispirillaceae 0.31±0.9 0.21±0.23 0.36±1.11
f__CAIVKH01 0.3±2.01 0±0 0.46±2.48
f__UBA3637 0.3±0.65 0.68±0.92 0.1±0.32
f__UBA11358 0.28±1.11 0.22±0.86 0.32±1.23
f__Peptostreptococcaceae 0.26±0.66 0.38±0.67 0.2±0.65
f__Burkholderiaceae_B 0.26±1.3 0.01±0.05 0.39±1.6
f__Methylomonadaceae 0.25±1.68 0±0 0.38±2.07
f__Competibacteraceae 0.25±2.33 0.71±3.95 0±0
f__Chitinophagaceae 0.25±1.22 0±0 0.38±1.49
f__Peptococcaceae 0.24±0.36 0.29±0.34 0.22±0.37
f__CHK158-818 0.23±0.4 0.39±0.55 0.14±0.26
f__Muribaculaceae 0.22±0.37 0.46±0.48 0.1±0.21
f__SHND01 0.21±1.4 0.48±2.27 0.06±0.48
f__Chromobacteriaceae 0.2±1.39 0.58±2.34 0±0
f__Smithellaceae 0.19±1.78 0±0 0.3±2.2
f__Chloroflexaceae 0.19±1.8 0.54±3.06 0±0.01
f__UBA6186 0.17±1.46 0.46±2.47 0.01±0.08
f__Pseudopelobacteraceae 0.17±0.98 0±0 0.25±1.2
f__Microcystaceae_B 0.17±1.54 0.46±2.6 0.01±0.04
f__Saprospiraceae 0.16±0.89 0±0 0.25±1.09
f__Succinispiraceae 0.14±0.24 0.12±0.17 0.15±0.27
f__Anaerotignaceae 0.14±0.24 0.15±0.23 0.13±0.24
f__Prolixibacteraceae 0.14±0.71 0±0 0.21±0.87
f__Palsa-965 0.13±0.89 0±0 0.2±1.09
f__UBA4823 0.13±1.22 0±0 0.19±1.51
f__Opitutaceae 0.13±1.2 0±0 0.19±1.49
f__Microcoleaceae 0.12±0.81 0.35±1.35 0±0.01
f__UBA3700 0.12±0.44 0.21±0.68 0.07±0.2
f__B-1AR 0.12±0.81 0±0 0.18±0.99
f__Massilibacillaceae 0.12±0.56 0.16±0.78 0.09±0.42
f__UBA5066 0.11±0.78 0.3±1.3 0.02±0.13
f__HGW-15 0.1±0.78 0±0 0.16±0.96
f__UBA5704 0.1±0.96 0±0 0.15±1.19
f__Planctomycetaceae 0.1±0.94 0±0 0.15±1.17
f__Methanoregulaceae 0.09±0.74 0±0 0.14±0.91
f__Staskawiczbacteraceae 0.09±0.77 0±0 0.13±0.95
f__B-17BO 0.08±0.54 0±0 0.13±0.67
f__CAG-465 0.07±0.36 0.19±0.58 0.01±0.07
f__Paludibacteraceae 0.07±0.56 0±0 0.11±0.69
f__GW2011-AR1 0.07±0.65 0±0 0.11±0.81
f__UBA10030 0.07±0.42 0±0 0.11±0.51
f__Methanotrichaceae 0.07±0.68 0±0 0.11±0.84
f__UBA932 0.07±0.19 0.12±0.24 0.04±0.16
f__Ignavibacteriaceae 0.07±0.58 0.02±0.12 0.09±0.72
f__Acutalibacteraceae 0.07±0.39 0.07±0.19 0.06±0.47
f__CAIRTM01 0.06±0.39 0.08±0.37 0.06±0.41
f__OLB5 0.06±0.35 0±0 0.1±0.43
f__Beijerinckiaceae 0.06±0.28 0±0 0.1±0.35
f__Victivallaceae 0.06±0.28 0.02±0.07 0.08±0.34
f__UBA4417 0.06±0.33 0.02±0.11 0.07±0.41
f__Methylophilaceae 0.06±0.29 0±0 0.09±0.35
f__UBA3830 0.06±0.15 0.06±0.13 0.06±0.16
f__UBA12108 0.05±0.43 0±0 0.08±0.53
f__TH1-2 0.05±0.31 0±0 0.08±0.38
f__Shewanellaceae 0.05±0.22 0±0 0.07±0.26
f__F082 0.05±0.37 0.03±0.11 0.06±0.46
f__Arcobacteraceae 0.05±0.28 0.04±0.13 0.05±0.34
f__WRBN01 0.04±0.26 0.12±0.43 0±0.03
f__Methanocorpusculaceae 0.04±0.16 0.02±0.05 0.06±0.2
f__Acidobacteriaceae 0.04±0.41 0±0 0.07±0.51
f__Hepatoplasmataceae 0.04±0.29 0±0 0.07±0.36
f__Methanobacteriaceae 0.04±0.28 0.03±0.11 0.05±0.34
f__UBA660 0.04±0.23 0.12±0.39 0±0.01
f__DYRC01 0.04±0.39 0±0 0.06±0.49
f__RUG14156 0.04±0.23 0.03±0.12 0.04±0.27
f__JADJPG01 0.04±0.27 0±0 0.06±0.33
f__SZUA-47 0.04±0.22 0±0 0.06±0.27
f__Pyrinomonadaceae 0.04±0.24 0.09±0.4 0.01±0.07
f__LL51 0.04±0.17 0.08±0.27 0.01±0.05
f__Pirellulaceae 0.04±0.29 0±0 0.06±0.36
f__FEN-979 0.04±0.21 0±0 0.06±0.25
f__UBA9973 0.03±0.15 0±0 0.05±0.19
f__Rhizobiaceae 0.03±0.15 0±0 0.05±0.18
f__SHXO01 0.03±0.14 0±0 0.04±0.18
f__Rhabdochlamydiaceae 0.03±0.14 0±0 0.04±0.18
f__2-12-FULL-35-15 0.03±0.22 0±0 0.04±0.27
f__Aestuariivirgaceae 0.03±0.11 0±0 0.04±0.14
f__Syntrophorhabdaceae 0.03±0.2 0±0 0.04±0.25
f__Sedimentibacteraceae 0.03±0.07 0.02±0.07 0.03±0.07
f__UBA2023 0.02±0.2 0±0 0.04±0.25
f__Coprobacillaceae 0.02±0.07 0.01±0.04 0.03±0.08
f__Spirosomaceae 0.02±0.12 0.02±0.1 0.03±0.13
f__UBA3375 0.02±0.11 0±0 0.04±0.13
f__Sphingomonadaceae 0.02±0.11 0±0 0.04±0.13
f__Thermoanaerobaculaceae 0.02±0.22 0±0 0.03±0.27
f__Fen-1058 0.02±0.2 0±0 0.03±0.24
f__DUVY01 0.02±0.06 0.01±0.05 0.03±0.07
f__UBA927 0.02±0.1 0±0 0.03±0.13
f__JAAUTT01 0.02±0.12 0±0 0.03±0.14
f__GWF2-50-10 0.02±0.13 0±0 0.03±0.16
f__UBA3254 0.02±0.13 0±0 0.03±0.16
f__GWA2-36-10 0.02±0.15 0±0 0.03±0.18
f__JAAYKM01 0.02±0.18 0±0 0.03±0.23
f__SG8-41 0.02±0.15 0±0 0.03±0.18
f__Crocinitomicaceae 0.02±0.12 0±0 0.03±0.15
f__Holophagaceae 0.02±0.18 0±0 0.03±0.22
f__Absconditicoccaceae 0.02±0.15 0±0 0.03±0.19
f__Rectinemataceae 0.02±0.17 0±0 0.03±0.21
f__Ilumatobacteraceae 0.02±0.12 0±0 0.03±0.15
f__UBA6016 0.02±0.11 0±0 0.03±0.13
f__Lutisporaceae 0.02±0.04 0.03±0.05 0.01±0.03
f__4484-276 0.02±0.1 0±0 0.03±0.13
f__Terrimicrobiaceae 0.02±0.06 0±0.02 0.02±0.07
f__UBA4778 0.02±0.09 0.01±0.03 0.02±0.1
f__Eubacteriaceae 0.02±0.05 0.03±0.07 0.01±0.03
f__SPBP01 0.01±0.09 0±0 0.02±0.11
f__Gemmataceae 0.01±0.14 0±0 0.02±0.17
f__UBA1568 0.01±0.1 0±0 0.02±0.13
f__XYD1-FULL-46-19 0.01±0.11 0±0 0.02±0.13
f__UBA920 0.01±0.1 0±0 0.02±0.12
f__CAG-508 0.01±0.08 0.03±0.13 0±0.02
f__Steroidobacteraceae 0.01±0.08 0±0 0.02±0.09
f__JAAZKV01 0.01±0.1 0±0 0.02±0.12
f__UBA5976 0.01±0.08 0±0 0.02±0.09
f__Burkholderiaceae_A 0.01±0.09 0.03±0.16 0±0
f__JAKLEM01 0.01±0.11 0±0 0.02±0.14
f__Brevinemataceae 0.01±0.07 0.01±0.04 0.01±0.08
f__Amoebophilaceae 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
f__Profunditerraquicolaceae 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
f__JAGOQP01 0.01±0.09 0±0 0.01±0.11
f__Mycoplasmataceae 0.01±0.06 0±0.01 0.01±0.07
f__Microbacteriaceae 0.01±0.06 0±0 0.01±0.07
f__UBA1709 0.01±0.08 0±0 0.01±0.1
f__UBA1820 0.01±0.02 0.01±0.02 0.01±0.02
f__Burkholderiaceae 0.01±0.03 0±0 0.01±0.04
f__JAGQMS01 0.01±0.03 0±0 0.01±0.04
f__Tenuifilaceae 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
f__UBA5272 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
f__Flavobacteriaceae 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
f__Moraxellaceae 0±0.04 0±0 0.01±0.04
f__Zambryskibacteraceae 0±0.04 0±0 0.01±0.05
f__JAFDDL01 0±0.04 0±0 0.01±0.05
f__2-12-FULL-60-25 0±0.02 0±0 0.01±0.03
f__UBA12049 0±0.03 0±0 0.01±0.04
f__PALSA-1337 0±0.02 0±0 0±0.02
f__CAIOMD01 0±0.01 0±0 0±0.02 
family_summary %>%
    left_join(genome_metadata %>% dplyr::select(family,phylum) %>% unique(),by=join_by(family==family)) %>%
#    left_join(sample_metadata,by=join_by(sample==sample)) %>%
    filter(family %in% family_arrange[1:20]) %>%
    mutate(family=factor(family,levels=rev(family_arrange[1:20]))) %>%
    filter(relabun > 0) %>%
    ggplot(aes(x=relabun, y=family, group=family, color=phylum)) +
        scale_color_manual(values=phylum_colors) +#[-8]
        geom_jitter(alpha=0.5) + 
        facet_grid(.~season)+
        theme_minimal() + 
        labs(y="Family", x="Relative abundance", color="Phylum")

5.1.3 Genus relative abundances

genus_summary <- genome_counts_filt %>%
  mutate_at(vars(-genome),~./sum(.)) %>% #apply TSS nornalisation
  pivot_longer(-genome, names_to = "sample", values_to = "count") %>% #reduce to minimum number of columns
  left_join(sample_metadata, by = join_by(sample == sample)) %>% #append sample metadata
  left_join(genome_metadata, by = join_by(genome == genome)) %>% #append genome metadata
  group_by(sample,phylum,genus, type, season) %>%
  summarise(relabun=sum(count)) %>%
  filter(genus != "g__") %>%
  mutate(genus= sub("^g__", "", genus))

5.1.3.1 Per pond

genus_summary %>%
    group_by(genus) %>%
    summarise(total_mean=mean(relabun*100, na.rm=T),
              total_sd=sd(relabun*100, na.rm=T),
              natural_mean=mean(relabun[type=="natural"]*100, na.rm=T),
              natural_sd=sd(relabun[type=="natural"]*100, na.rm=T),
              protected_mean=mean(relabun[type=="protected"]*100, na.rm=T),
              protected_sd=sd(relabun[type=="protected"]*100, na.rm=T),
              urban_mean=mean(relabun[type=="urban"]*100, na.rm=T),
              urban_sd=sd(relabun[type=="urban"]*100, na.rm=T))  %>%
    mutate(total=str_c(round(total_mean,2),"±",round(total_sd,2)),
           natural=str_c(round(natural_mean,2),"±",round(natural_sd,2)),
           protected=str_c(round(protected_mean,2),"±",round(protected_sd,2)),
           urban=str_c(round(urban_mean,2),"±",round(urban_sd,2))) %>% 
    arrange(-total_mean) %>% 
    dplyr::select(genus,total,natural,protected,urban) %>% 
    tt()
tinytable_nh1fq7k6btg4yq4h7dai
genus total natural protected urban
Bacteroides 17.27±15.59 13.16±15.3 23.86±16.92 16.12±11.68
Mucinivorans 10.39±12.9 11.41±9.36 9.48±19.23 9.76±7.66
Parabacteroides 7.07±6.44 4.45±5.59 9.58±7.48 8.47±4.71
Aeromonas 4.15±10.69 3.35±9.89 4.22±9.85 5.47±13.15
Mycoplasma_L 3.78±6.81 5.42±8.83 2.17±4.18 2.96±4.7
Rikenella 2.79±5.08 3.21±5.27 2.46±4.91 2.48±5.12
JADFUS01 2.22±2.02 2.13±2.26 2.31±2.09 2.27±1.5
Odoribacter 1.87±2.46 1.12±1.88 2.74±3.29 2.1±1.73
Akkermansia 1.63±3.1 0.86±1.42 2.06±3.58 2.41±4.22
Clostridium 1.41±1.84 1.53±1.71 1.3±2.38 1.33±1.22
Chlorobaculum 1.26±7.85 2.88±11.79 0±0 0.01±0.04
UBA866 1.2±2.17 1.36±2.95 1.04±1.43 1.12±1.14
Parabacteroides_B 1.13±1.58 0.5±1.14 1.49±1.76 1.76±1.66
Aquirickettsiella 0.99±8.81 2.21±13.36 0.03±0.11 0.08±0.25
Hafnia 0.97±3.83 0.92±3.53 1.36±4.94 0.57±2.68
Buttiauxella 0.94±4.16 0.25±0.97 1.84±6.63 1.01±3.47
Mobilisporobacter 0.84±2.27 0.86±2.41 1.11±2.79 0.46±0.93
Thiodictyon 0.81±3.44 1.25±3.9 0.76±4.07 0.11±0.3
UMGS1251 0.77±1.13 0.26±0.59 1.04±1.48 1.29±1.02
Sarcina 0.73±1.94 0.14±0.53 1.07±2.89 1.32±1.83
Alistipes 0.68±0.97 1.03±1.24 0.28±0.47 0.58±0.65
FACHB-831 0.68±6.41 1.57±9.72 0±0 0±0
Hydrogenoanaerobacterium 0.66±1.76 0.89±2.49 0.45±0.81 0.53±0.89
Clostridium_Q 0.66±0.78 0.57±0.7 0.89±0.98 0.51±0.55
SZUA-378 0.57±1.52 0.09±0.28 1.57±2.41 0.13±0.26
Angelakisella 0.56±0.72 0.56±0.73 0.4±0.69 0.77±0.74
LD21 0.55±1.87 0.99±2.41 0±0 0.48±1.85
Malacoplasma 0.44±1.76 0.19±0.54 0.61±1.65 0.67±2.95
Tidjanibacter 0.41±0.75 0.51±0.85 0.34±0.79 0.34±0.49
Hungatella_A 0.4±0.64 0.29±0.56 0.42±0.68 0.57±0.71
OLB14 0.39±1.69 0.59±1.67 0±0 0.53±2.55
Budvicia 0.38±1.36 0.41±1.55 0.45±1.48 0.23±0.8
JAGNZR01 0.35±0.94 0.13±0.37 0.4±1.24 0.67±1.13
Anaerorhabdus 0.35±1.17 0.55±1.62 0.08±0.3 0.34±0.85
Anaerotruncus 0.31±0.48 0.27±0.47 0.35±0.56 0.35±0.41
OM05-12 0.3±0.5 0.27±0.37 0.28±0.63 0.39±0.5
CAIVKH01 0.3±2.01 0.69±3.03 0±0 0±0
Chlorobium 0.26±1.63 0.6±2.44 0±0 0.01±0.06
RXIV01 0.25±2.33 0.01±0.05 0.77±4.15 0.01±0.04
Gallalistipes 0.25±0.71 0.44±1.03 0.07±0.14 0.12±0.14
CAKVBE01 0.25±0.69 0.25±0.65 0.09±0.3 0.45±1.03
Dielma 0.23±0.36 0.15±0.32 0.26±0.36 0.34±0.39
HGM05232 0.22±0.37 0.31±0.45 0.1±0.22 0.23±0.32
SHND01 0.21±1.4 0.48±2.1 0±0 0±0
Avirikenella 0.2±0.64 0.33±0.91 0.1±0.3 0.12±0.3
UBA4132 0.2±1.49 0.47±2.25 0±0.01 0±0
Bilophila 0.2±0.32 0.25±0.36 0.14±0.29 0.2±0.3
Craterilacuibacter 0.2±1.39 0.43±2.1 0±0 0.04±0.12
Gallibacteroides 0.2±0.38 0.11±0.27 0.12±0.2 0.44±0.57
CAJGBR01 0.19±0.26 0.26±0.31 0.1±0.18 0.19±0.23
Chloroploca 0.19±1.8 0±0 0.6±3.21 0±0
Lamprocystis 0.18±0.88 0.35±1.3 0±0 0.12±0.28
FEN-1139 0.18±1.71 0±0 0±0 0.71±3.43
RUG14305 0.18±0.25 0.14±0.23 0.19±0.3 0.23±0.2
Alistipes_A 0.17±0.32 0.23±0.44 0.05±0.09 0.21±0.23
Smithella 0.17±1.55 0±0 0±0 0.68±3.09
UBA6186 0.17±1.46 0±0 0.51±2.59 0.03±0.12
Anaerovorax 0.17±0.32 0.22±0.38 0.04±0.13 0.23±0.33
Phocea 0.16±0.35 0.06±0.12 0.22±0.53 0.27±0.31
M3007 0.16±0.89 0.37±1.33 0±0 0±0
Romboutsia_D 0.16±0.34 0.26±0.39 0.09±0.36 0.07±0.15
Cetobacterium 0.16±0.45 0.12±0.31 0.04±0.15 0.38±0.74
JADLHS01 0.16±0.93 0.36±1.39 0±0 0±0
Scandinavium 0.15±0.85 0.23±1.23 0.04±0.19 0.14±0.49
Amedibacillus 0.15±0.43 0.2±0.54 0.14±0.41 0.06±0.15
JAGAJR01 0.14±0.29 0.15±0.29 0.12±0.26 0.17±0.31
Luteolibacter 0.14±0.53 0.32±0.78 0±0.01 0.02±0.07
GCA-2737665 0.13±0.89 0.3±1.33 0±0 0±0
Aminipila 0.13±0.18 0.13±0.2 0.13±0.18 0.13±0.15
CAIQJJ01 0.13±1.22 0±0 0±0 0.51±2.44
JADKHC01 0.13±1.2 0±0 0±0 0.5±2.41
JJ008 0.12±0.69 0.29±1.03 0±0 0±0
Intestinimonas 0.12±0.2 0.06±0.12 0.25±0.26 0.06±0.13
Citrobacter 0.12±1.12 0.28±1.69 0±0 0±0
Planktothrix 0.12±0.81 0.09±0.48 0.26±1.33 0±0
FEN-1279 0.12±0.81 0.1±0.56 0±0 0.3±1.44
Harryflintia 0.12±0.32 0.02±0.12 0.28±0.5 0.06±0.12
UBA5066 0.11±0.78 0.26±1.17 0±0 0±0
JACRCG01 0.11±0.7 0.26±1.05 0±0 0±0
Negativibacillus 0.11±0.35 0.03±0.19 0.21±0.51 0.13±0.3
Rhodoferax_C 0.11±0.86 0.25±1.3 0±0 0±0
CAIPUE01 0.11±0.28 0.13±0.35 0.09±0.24 0.09±0.19
WRKB01 0.11±0.21 0.05±0.11 0.12±0.24 0.19±0.28
Anaerotignum 0.1±0.23 0.12±0.26 0.04±0.15 0.16±0.23
Spyradomonas 0.1±0.3 0.06±0.24 0.03±0.11 0.25±0.47
TH-plancto1 0.1±0.94 0.23±1.43 0±0 0±0
Azonexus 0.09±0.43 0.17±0.63 0±0 0.07±0.2
Methanoregula 0.09±0.74 0.03±0.19 0±0 0.3±1.45
Pseudoflavonifractor 0.09±0.22 0.04±0.1 0.17±0.34 0.07±0.12
RGIG7389 0.08±0.15 0.04±0.1 0.1±0.18 0.12±0.16
UBA7488 0.08±0.28 0.03±0.15 0.13±0.42 0.11±0.21
UBA3961 0.08±0.37 0.18±0.55 0±0 0±0
RPPU01 0.08±0.75 0±0 0±0 0.31±1.5
RGIG5057 0.07±0.36 0±0 0.17±0.59 0.09±0.25
UMGS1202 0.07±0.14 0.04±0.08 0.1±0.16 0.11±0.18
CAIQQL01 0.07±0.65 0.17±0.99 0±0 0±0
Methanothrix 0.07±0.68 0±0 0±0 0.29±1.35
Egerieousia 0.07±0.19 0.03±0.11 0.08±0.23 0.13±0.24
UBA11358 0.07±0.35 0.16±0.52 0±0 0±0
IGN3 0.07±0.58 0.16±0.88 0±0 0±0
14-2 0.07±0.32 0.02±0.08 0.06±0.27 0.15±0.56
SKHV01 0.07±0.63 0±0 0±0 0.26±1.26
Butyribacter 0.06±0.61 0.15±0.93 0±0 0±0
CAIRTM01 0.06±0.39 0.15±0.59 0±0 0±0
OLB5 0.06±0.35 0.14±0.52 0±0 0±0
Methylocystis 0.06±0.28 0.14±0.42 0±0 0±0
Robinsoniella 0.06±0.21 0.02±0.08 0.13±0.31 0.05±0.19
UBA2475 0.06±0.39 0.14±0.58 0±0 0±0
JABFSR01 0.06±0.31 0.13±0.46 0±0 0±0
Paludibacter 0.06±0.54 0±0 0±0 0.23±1.07
Ruthenibacterium 0.06±0.2 0.12±0.29 0.01±0.04 0±0.01
UBA12294 0.06±0.31 0.07±0.25 0.09±0.48 0±0
Edwardsiella 0.05±0.17 0.1±0.24 0±0 0.04±0.12
CAJAUT01 0.05±0.43 0.12±0.65 0±0 0±0
JAKAJH01 0.05±0.39 0.12±0.59 0±0 0±0
CAIPTY01 0.05±0.28 0.12±0.43 0±0 0±0
Romboutsia_A 0.05±0.26 0.02±0.08 0.12±0.44 0.01±0.04
Bacteroides_G 0.05±0.25 0.12±0.37 0±0 0±0
Novimethylophilus 0.05±0.29 0.11±0.43 0±0 0±0
Vitreimonas 0.05±0.31 0.11±0.47 0±0 0±0
Shewanella 0.05±0.22 0.03±0.2 0.09±0.3 0.02±0.07
JAERTD01 0.05±0.37 0.11±0.57 0±0 0±0
JAGPHI01 0.05±0.25 0.11±0.38 0±0 0±0
Aliarcobacter 0.05±0.28 0.1±0.43 0.01±0.03 0±0.01
CAJLXD01 0.05±0.19 0.07±0.27 0.03±0.08 0.02±0.05
Methyloglobulus 0.05±0.22 0.1±0.32 0±0 0±0
JAHHUI01 0.04±0.26 0.01±0.04 0±0 0.17±0.51
Methanocorpusculum 0.04±0.16 0.06±0.2 0.04±0.18 0.03±0.06
Terracidiphilus 0.04±0.41 0±0 0±0 0.17±0.82
Methanobacterium_A 0.04±0.28 0.09±0.42 0±0 0.01±0.05
DYRC01 0.04±0.39 0±0 0±0 0.16±0.79
JAHHTP01 0.04±0.14 0.04±0.16 0.03±0.14 0.05±0.12
RGIG5270 0.04±0.22 0±0 0±0 0.16±0.42
Hylemonella 0.04±0.38 0±0 0±0 0.16±0.76
CALXSC01 0.04±0.22 0±0.03 0.01±0.02 0.14±0.42
Eubacterium_R 0.04±0.38 0.09±0.57 0±0 0±0
Scatenecus 0.04±0.15 0.04±0.18 0.02±0.09 0.06±0.16
Copranaerobaculum 0.04±0.16 0.04±0.2 0.04±0.11 0.04±0.13
RFTN01 0.04±0.22 0.09±0.33 0±0 0±0
JAEUNJ01 0.04±0.15 0.09±0.23 0±0 0±0
OLB17 0.04±0.24 0.09±0.37 0±0 0±0
Aureliella 0.04±0.29 0.08±0.44 0±0 0±0
FEN-979 0.04±0.21 0.08±0.31 0±0 0±0
Draconibacterium 0.04±0.16 0.08±0.23 0±0 0±0
UBA6024 0.03±0.21 0.08±0.31 0±0 0±0
Hespellia 0.03±0.19 0.05±0.28 0.01±0.05 0.03±0.06
Evtepia 0.03±0.06 0.03±0.06 0.05±0.07 0.02±0.04
Ferruginibacter 0.03±0.15 0.07±0.22 0±0 0.01±0.03
JAJBUQ01 0.03±0.06 0.02±0.05 0.02±0.06 0.07±0.09
Anaerobium 0.03±0.1 0.01±0.04 0.08±0.16 0±0
SHXO01 0.03±0.14 0.07±0.21 0±0 0±0
Bacilliculturomica 0.03±0.06 0.02±0.06 0.03±0.06 0.04±0.08
PALSA-1444 0.03±0.14 0.06±0.21 0±0 0±0
MGBC133411 0.03±0.16 0±0.01 0.06±0.28 0.02±0.06
2-12-FULL-35-15 0.03±0.22 0.06±0.33 0±0 0±0
Aestuariivirga 0.03±0.11 0.06±0.17 0±0 0±0
Syntrophorhabdus 0.03±0.2 0.01±0.08 0±0 0.08±0.39
Limnohabitans 0.03±0.16 0.04±0.23 0±0 0.03±0.09
JAAYQI01 0.03±0.1 0±0 0.07±0.16 0.02±0.06
IOR16 0.03±0.05 0.02±0.06 0.03±0.05 0.03±0.05
Coprobacillus 0.02±0.07 0.03±0.06 0.03±0.1 0±0.01
UBA5026 0.02±0.16 0±0 0.07±0.29 0±0.02
Massilioclostridium 0.02±0.08 0.05±0.11 0±0 0±0.02
JAFGIC01 0.02±0.23 0±0 0±0 0.1±0.46
CALURL01 0.02±0.1 0.02±0.09 0.04±0.13 0.01±0.03
AM-1111 0.02±0.16 0.05±0.23 0±0 0±0
Leadbetterella 0.02±0.12 0.03±0.15 0.03±0.11 0±0
Sulfuritalea 0.02±0.13 0.05±0.19 0±0 0±0
Aquisediminimonas 0.02±0.11 0.05±0.16 0±0 0±0
JAGOBP01 0.02±0.2 0±0 0±0 0.09±0.39
UBA8515 0.02±0.12 0.05±0.18 0±0 0±0
CHH4-2 0.02±0.06 0.01±0.05 0.04±0.07 0.02±0.05
GWF2-50-10 0.02±0.13 0.05±0.2 0±0 0±0
JAGOMW01 0.02±0.18 0.05±0.28 0±0 0±0
Merdenecus 0.02±0.08 0±0.02 0.06±0.14 0.01±0.03
UBA5195 0.02±0.12 0.05±0.18 0±0 0±0
Avimicrobium 0.02±0.04 0.01±0.02 0.02±0.03 0.05±0.05
UBA4417 0.02±0.19 0.05±0.29 0±0 0±0
JACRFF01 0.02±0.1 0.05±0.15 0±0 0±0
UBA3254 0.02±0.13 0.04±0.2 0±0 0±0
Plesiomonas 0.02±0.19 0.04±0.28 0±0 0±0
GWA2-36-10 0.02±0.15 0.04±0.22 0±0 0±0
Serratia_A 0.02±0.11 0.02±0.06 0.04±0.19 0±0
JAAYKM01 0.02±0.18 0±0 0±0 0.08±0.36
RGIG4140 0.02±0.12 0±0 0.03±0.16 0.04±0.18
UBA1794 0.02±0.08 0.01±0.03 0±0 0.07±0.15
PALSA-1004 0.02±0.15 0.04±0.22 0±0 0±0
WRDF01 0.02±0.05 0.01±0.04 0±0.01 0.06±0.09
M0103 0.02±0.12 0±0 0±0 0.07±0.24
Holophaga 0.02±0.18 0±0 0±0 0.07±0.35
MGBC102946 0.02±0.17 0.04±0.26 0±0 0±0
Hepatoplasma 0.02±0.17 0.04±0.26 0±0 0±0
UBA1306 0.02±0.17 0±0 0±0 0.07±0.34
UBA668 0.02±0.12 0.04±0.18 0±0 0±0
JAFGVL01 0.02±0.16 0.04±0.25 0±0 0±0
CAJATL01 0.02±0.1 0.04±0.16 0±0 0±0
Fluviibacter 0.02±0.05 0.03±0.07 0±0 0.02±0.05
CAJBLF01 0.02±0.15 0.04±0.23 0±0 0±0
UBA2192 0.02±0.09 0.02±0.08 0±0 0.03±0.14
Lacibacter 0.01±0.13 0.03±0.2 0±0 0±0
Massiliimalia 0.01±0.06 0.03±0.09 0±0 0±0
CAZU01 0.01±0.07 0±0 0.02±0.09 0.03±0.09
RGDT01 0.01±0.14 0.03±0.21 0±0 0±0
SSEF01 0.01±0.1 0.03±0.16 0±0 0±0
JAKJEI01 0.01±0.11 0.03±0.16 0±0 0±0
Intestinibacillus 0.01±0.05 0.02±0.05 0.01±0.02 0.02±0.06
RGIG8482 0.01±0.08 0.02±0.12 0±0.02 0.01±0.03
CADEED01 0.01±0.08 0.03±0.11 0±0 0±0
JAAZKV01 0.01±0.1 0.03±0.15 0±0 0±0
Morganella 0.01±0.09 0.02±0.13 0.01±0.05 0±0
JAEZVV01 0.01±0.09 0.03±0.14 0±0 0±0
HGM16780 0.01±0.05 0.01±0.03 0.02±0.07 0.01±0.03
JAJQEJ01 0.01±0.04 0±0.01 0.01±0.03 0.02±0.06
JAAYCI01 0.01±0.04 0.02±0.06 0±0 0±0.01
UBA9973 0.01±0.09 0±0 0±0 0.04±0.18
Cardinium 0.01±0.05 0.02±0.07 0±0 0±0
Rahnella 0.01±0.06 0±0 0±0 0.03±0.12
Brevinema 0.01±0.06 0.01±0.04 0.02±0.09 0±0
Polynucleobacter 0.01±0.03 0.01±0.04 0±0 0±0.01
JAGQMS01 0.01±0.03 0.02±0.05 0±0 0±0
Methylopumilus_A 0.01±0.04 0±0 0±0 0.03±0.08
UBA8529 0.01±0.05 0.01±0.07 0±0 0±0
UBA11704 0.01±0.05 0.01±0.07 0±0 0±0
Lumbricidophila 0.01±0.05 0.01±0.08 0±0 0±0
Flavobacterium 0.01±0.05 0.01±0.07 0±0 0±0
UBA10108 0.01±0.05 0±0 0±0 0.02±0.1
Rhodoferax 0±0.03 0±0 0±0 0.02±0.07
Acinetobacter 0±0.04 0±0 0.02±0.06 0±0
C7867-006 0±0.04 0.01±0.06 0±0 0±0
MWCR01 0±0.02 0.01±0.04 0±0 0±0
2-01-FULL-39-10-A 0±0.03 0.01±0.04 0±0 0±0
Aurantimicrobium 0±0.01 0.01±0.02 0±0 0±0.01
Cetobacterium_A 0±0.02 0±0 0.01±0.03 0±0
JACRJP01 0±0.02 0.01±0.03 0±0 0±0
Vogesella 0±0.01 0±0.02 0±0 0±0 
genus_summary %>%
  #    left_join(sample_metadata,by=join_by(sample==sample)) %>%
  mutate(genus=factor(genus, levels=rev(genus_summary_sort %>% pull(genus)))) %>%
  filter(relabun > 0) %>%
  ggplot(aes(x=relabun, y=genus, group=genus, color=phylum)) +
  scale_color_manual(values=phylum_colors) +
  geom_jitter(alpha=0.5) + 
  facet_grid(.~type)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text = element_text(size=6),
    )+
        labs(y="Genus", x="Relative abundance", color="Phylum")

5.1.3.2 Per season

genus_summary %>%
    group_by(genus) %>%
    summarise(total_mean=mean(relabun*100, na.rm=T),
              total_sd=sd(relabun*100, na.rm=T),
              spring_mean=mean(relabun[season=="spring"]*100, na.rm=T),
              spring_sd=sd(relabun[season=="spring"]*100, na.rm=T),
              autumn_mean=mean(relabun[season=="autumn"]*100, na.rm=T),
              autumn_sd=sd(relabun[season=="autumn"]*100, na.rm=T))  %>%
    mutate(total=str_c(round(total_mean,2),"±",round(total_sd,2)),
           spring=str_c(round(spring_mean,2),"±",round(spring_sd,2)),
           autumn=str_c(round(autumn_mean,2),"±",round(autumn_sd,2))) %>% 
    arrange(-total_mean) %>% 
    dplyr::select(genus,total,spring,autumn) %>% 
    tt()
tinytable_ud0jegzmx3rlnlhgse8z
genus total spring autumn
Bacteroides 17.27±15.59 11.72±8.32 20.24±17.69
Mucinivorans 10.39±12.9 9.74±6.68 10.74±15.26
Parabacteroides 7.07±6.44 6.62±4.73 7.31±7.22
Aeromonas 4.15±10.69 4.36±9.73 4.04±11.25
Mycoplasma_L 3.78±6.81 4.07±4.75 3.63±7.72
Rikenella 2.79±5.08 4.08±5.83 2.11±4.53
JADFUS01 2.22±2.02 2.31±1.62 2.18±2.22
Odoribacter 1.87±2.46 3±2.79 1.27±2.05
Akkermansia 1.63±3.1 3.23±4.43 0.77±1.54
Clostridium 1.41±1.84 1.64±1.83 1.28±1.85
Chlorobaculum 1.26±7.85 0±0 1.93±9.68
UBA866 1.2±2.17 2.2±3.23 0.66±0.96
Parabacteroides_B 1.13±1.58 1.06±1.18 1.16±1.77
Aquirickettsiella 0.99±8.81 0±0 1.52±10.91
Hafnia 0.97±3.83 2.28±5.92 0.27±1.67
Buttiauxella 0.94±4.16 0.09±0.43 1.4±5.1
Mobilisporobacter 0.84±2.27 0.72±1.45 0.9±2.61
Thiodictyon 0.81±3.44 1.64±5.45 0.37±1.44
UMGS1251 0.77±1.13 0.66±0.83 0.82±1.27
Sarcina 0.73±1.94 0.57±1.25 0.81±2.23
Alistipes 0.68±0.97 1.02±0.84 0.5±0.99
FACHB-831 0.68±6.41 0±0 1.05±7.94
Hydrogenoanaerobacterium 0.66±1.76 0.82±1.04 0.58±2.05
Clostridium_Q 0.66±0.78 0.66±0.88 0.65±0.73
SZUA-378 0.57±1.52 1.04±2.3 0.31±0.76
Angelakisella 0.56±0.72 0.83±0.84 0.41±0.61
LD21 0.55±1.87 0.03±0.17 0.83±2.27
Malacoplasma 0.44±1.76 0.29±0.73 0.52±2.12
Tidjanibacter 0.41±0.75 0.31±0.35 0.47±0.89
Hungatella_A 0.4±0.64 0.28±0.61 0.46±0.65
OLB14 0.39±1.69 0±0 0.6±2.06
Budvicia 0.38±1.36 0.27±1.15 0.43±1.47
JAGNZR01 0.35±0.94 0.17±0.38 0.45±1.13
Anaerorhabdus 0.35±1.17 0.37±0.67 0.34±1.37
Anaerotruncus 0.31±0.48 0.25±0.33 0.35±0.55
OM05-12 0.3±0.5 0.4±0.57 0.25±0.45
CAIVKH01 0.3±2.01 0±0 0.46±2.48
Chlorobium 0.26±1.63 0±0 0.4±2.01
RXIV01 0.25±2.33 0.71±3.95 0±0
Gallalistipes 0.25±0.71 0.5±1.13 0.11±0.22
CAKVBE01 0.25±0.69 0.22±0.48 0.26±0.79
Dielma 0.23±0.36 0.29±0.4 0.2±0.33
HGM05232 0.22±0.37 0.46±0.48 0.1±0.21
SHND01 0.21±1.4 0.48±2.27 0.06±0.48
Avirikenella 0.2±0.64 0.24±0.45 0.18±0.73
UBA4132 0.2±1.49 0±0 0.31±1.84
Bilophila 0.2±0.32 0.27±0.36 0.17±0.3
Craterilacuibacter 0.2±1.39 0.57±2.34 0±0
Gallibacteroides 0.2±0.38 0.37±0.53 0.11±0.21
CAJGBR01 0.19±0.26 0.28±0.22 0.15±0.27
Chloroploca 0.19±1.8 0.54±3.06 0±0.01
Lamprocystis 0.18±0.88 0.27±0.97 0.13±0.82
FEN-1139 0.18±1.71 0±0 0.27±2.12
RUG14305 0.18±0.25 0.23±0.29 0.15±0.22
Alistipes_A 0.17±0.32 0.25±0.46 0.13±0.21
Smithella 0.17±1.55 0±0 0.26±1.92
UBA6186 0.17±1.46 0.46±2.47 0.01±0.08
Anaerovorax 0.17±0.32 0.19±0.31 0.15±0.32
Phocea 0.16±0.35 0.33±0.52 0.07±0.18
M3007 0.16±0.89 0±0 0.25±1.09
Romboutsia_D 0.16±0.34 0.28±0.49 0.1±0.21
Cetobacterium 0.16±0.45 0.13±0.33 0.17±0.5
JADLHS01 0.16±0.93 0.22±0.86 0.13±0.97
Scandinavium 0.15±0.85 0.06±0.36 0.19±1.02
Amedibacillus 0.15±0.43 0.03±0.15 0.2±0.51
JAGAJR01 0.14±0.29 0.21±0.29 0.11±0.28
Luteolibacter 0.14±0.53 0±0 0.22±0.65
GCA-2737665 0.13±0.89 0±0 0.2±1.09
Aminipila 0.13±0.18 0.17±0.21 0.11±0.16
CAIQJJ01 0.13±1.22 0±0 0.19±1.51
JADKHC01 0.13±1.2 0±0 0.19±1.49
JJ008 0.12±0.69 0±0 0.19±0.85
Intestinimonas 0.12±0.2 0.11±0.19 0.13±0.2
Citrobacter 0.12±1.12 0.33±1.89 0.01±0.07
Planktothrix 0.12±0.81 0.35±1.35 0±0.01
FEN-1279 0.12±0.81 0±0 0.18±0.99
Harryflintia 0.12±0.32 0.08±0.15 0.13±0.38
UBA5066 0.11±0.78 0.3±1.3 0.02±0.13
JACRCG01 0.11±0.7 0±0 0.18±0.86
Negativibacillus 0.11±0.35 0.16±0.39 0.09±0.33
Rhodoferax_C 0.11±0.86 0.01±0.05 0.16±1.06
CAIPUE01 0.11±0.28 0.15±0.26 0.09±0.29
WRKB01 0.11±0.21 0.15±0.24 0.09±0.2
Anaerotignum 0.1±0.23 0.09±0.21 0.11±0.24
Spyradomonas 0.1±0.3 0.14±0.29 0.08±0.3
TH-plancto1 0.1±0.94 0±0 0.15±1.17
Azonexus 0.09±0.43 0.15±0.63 0.06±0.28
Methanoregula 0.09±0.74 0±0 0.14±0.91
Pseudoflavonifractor 0.09±0.22 0.09±0.23 0.09±0.21
RGIG7389 0.08±0.15 0.15±0.18 0.04±0.11
UBA7488 0.08±0.28 0.21±0.43 0.01±0.08
UBA3961 0.08±0.37 0±0 0.12±0.45
RPPU01 0.08±0.75 0±0 0.12±0.93
RGIG5057 0.07±0.36 0.19±0.58 0.01±0.07
UMGS1202 0.07±0.14 0.16±0.2 0.03±0.06
CAIQQL01 0.07±0.65 0±0 0.11±0.81
Methanothrix 0.07±0.68 0±0 0.11±0.84
Egerieousia 0.07±0.19 0.12±0.24 0.04±0.16
UBA11358 0.07±0.35 0±0 0.11±0.43
IGN3 0.07±0.58 0.02±0.12 0.09±0.72
14-2 0.07±0.32 0.15±0.53 0.02±0.08
SKHV01 0.07±0.63 0±0 0.1±0.78
Butyribacter 0.06±0.61 0±0 0.1±0.76
CAIRTM01 0.06±0.39 0.08±0.37 0.06±0.41
OLB5 0.06±0.35 0±0 0.1±0.43
Methylocystis 0.06±0.28 0±0 0.1±0.35
Robinsoniella 0.06±0.21 0.02±0.07 0.08±0.25
UBA2475 0.06±0.39 0±0 0.09±0.48
JABFSR01 0.06±0.31 0±0 0.09±0.38
Paludibacter 0.06±0.54 0±0 0.09±0.67
Ruthenibacterium 0.06±0.2 0.06±0.23 0.05±0.18
UBA12294 0.06±0.31 0.08±0.46 0.04±0.21
Edwardsiella 0.05±0.17 0.04±0.13 0.06±0.19
CAJAUT01 0.05±0.43 0±0 0.08±0.53
JAKAJH01 0.05±0.39 0±0 0.08±0.48
CAIPTY01 0.05±0.28 0±0 0.08±0.35
Romboutsia_A 0.05±0.26 0.05±0.12 0.05±0.31
Bacteroides_G 0.05±0.25 0.1±0.4 0.03±0.11
Novimethylophilus 0.05±0.29 0±0 0.08±0.35
Vitreimonas 0.05±0.31 0±0 0.08±0.38
Shewanella 0.05±0.22 0±0 0.07±0.26
JAERTD01 0.05±0.37 0.03±0.11 0.06±0.46
JAGPHI01 0.05±0.25 0.01±0.03 0.07±0.31
Aliarcobacter 0.05±0.28 0.04±0.13 0.05±0.34
CAJLXD01 0.05±0.19 0.06±0.12 0.04±0.22
Methyloglobulus 0.05±0.22 0±0 0.07±0.26
JAHHUI01 0.04±0.26 0.12±0.43 0±0.03
Methanocorpusculum 0.04±0.16 0.02±0.05 0.06±0.2
Terracidiphilus 0.04±0.41 0±0 0.07±0.51
Methanobacterium_A 0.04±0.28 0.03±0.11 0.05±0.34
DYRC01 0.04±0.39 0±0 0.06±0.49
JAHHTP01 0.04±0.14 0.08±0.19 0.02±0.1
RGIG5270 0.04±0.22 0±0.01 0.06±0.27
Hylemonella 0.04±0.38 0±0 0.06±0.47
CALXSC01 0.04±0.22 0.05±0.22 0.04±0.21
Eubacterium_R 0.04±0.38 0±0 0.06±0.47
Scatenecus 0.04±0.15 0.02±0.09 0.05±0.18
Copranaerobaculum 0.04±0.16 0.01±0.04 0.06±0.19
RFTN01 0.04±0.22 0±0 0.06±0.27
JAEUNJ01 0.04±0.15 0±0 0.06±0.19
OLB17 0.04±0.24 0.09±0.4 0.01±0.07
Aureliella 0.04±0.29 0±0 0.06±0.36
FEN-979 0.04±0.21 0±0 0.06±0.25
Draconibacterium 0.04±0.16 0±0 0.05±0.19
UBA6024 0.03±0.21 0±0 0.05±0.25
Hespellia 0.03±0.19 0.02±0.06 0.04±0.23
Evtepia 0.03±0.06 0.06±0.08 0.02±0.04
Ferruginibacter 0.03±0.15 0±0 0.05±0.18
JAJBUQ01 0.03±0.06 0.04±0.07 0.02±0.06
Anaerobium 0.03±0.1 0.01±0.03 0.04±0.12
SHXO01 0.03±0.14 0±0 0.04±0.18
Bacilliculturomica 0.03±0.06 0.04±0.08 0.02±0.05
PALSA-1444 0.03±0.14 0±0 0.04±0.18
MGBC133411 0.03±0.16 0.07±0.26 0±0.02
2-12-FULL-35-15 0.03±0.22 0±0 0.04±0.27
Aestuariivirga 0.03±0.11 0±0 0.04±0.14
Syntrophorhabdus 0.03±0.2 0±0 0.04±0.25
Limnohabitans 0.03±0.16 0±0 0.04±0.2
JAAYQI01 0.03±0.1 0.05±0.14 0.01±0.06
IOR16 0.03±0.05 0.03±0.05 0.02±0.06
Coprobacillus 0.02±0.07 0.01±0.04 0.03±0.08
UBA5026 0.02±0.16 0.07±0.27 0±0.01
Massilioclostridium 0.02±0.08 0±0.02 0.03±0.09
JAFGIC01 0.02±0.23 0±0 0.04±0.28
CALURL01 0.02±0.1 0.04±0.13 0.01±0.07
AM-1111 0.02±0.16 0±0 0.04±0.19
Leadbetterella 0.02±0.12 0.02±0.1 0.03±0.13
Sulfuritalea 0.02±0.13 0±0 0.04±0.16
Aquisediminimonas 0.02±0.11 0±0 0.04±0.13
JAGOBP01 0.02±0.2 0±0 0.03±0.24
UBA8515 0.02±0.12 0±0 0.03±0.15
CHH4-2 0.02±0.06 0.02±0.04 0.02±0.07
GWF2-50-10 0.02±0.13 0±0 0.03±0.16
JAGOMW01 0.02±0.18 0±0 0.03±0.23
Merdenecus 0.02±0.08 0.02±0.04 0.02±0.1
UBA5195 0.02±0.12 0±0 0.03±0.15
Avimicrobium 0.02±0.04 0.03±0.05 0.02±0.03
UBA4417 0.02±0.19 0±0 0.03±0.24
JACRFF01 0.02±0.1 0±0 0.03±0.12
UBA3254 0.02±0.13 0±0 0.03±0.16
Plesiomonas 0.02±0.19 0.06±0.32 0±0
GWA2-36-10 0.02±0.15 0±0 0.03±0.18
Serratia_A 0.02±0.11 0.06±0.19 0±0
JAAYKM01 0.02±0.18 0±0 0.03±0.23
RGIG4140 0.02±0.12 0.03±0.15 0.02±0.11
UBA1794 0.02±0.08 0.04±0.13 0±0.02
PALSA-1004 0.02±0.15 0±0 0.03±0.18
WRDF01 0.02±0.05 0.01±0.04 0.02±0.06
M0103 0.02±0.12 0±0 0.03±0.15
Holophaga 0.02±0.18 0±0 0.03±0.22
MGBC102946 0.02±0.17 0.05±0.29 0±0
Hepatoplasma 0.02±0.17 0±0 0.03±0.21
UBA1306 0.02±0.17 0±0 0.03±0.21
UBA668 0.02±0.12 0±0 0.03±0.15
JAFGVL01 0.02±0.16 0±0 0.03±0.2
CAJATL01 0.02±0.1 0±0 0.03±0.13
Fluviibacter 0.02±0.05 0±0 0.02±0.06
CAJBLF01 0.02±0.15 0±0 0.02±0.18
UBA2192 0.02±0.09 0.01±0.03 0.02±0.1
Lacibacter 0.01±0.13 0±0 0.02±0.16
Massiliimalia 0.01±0.06 0±0.01 0.02±0.07
CAZU01 0.01±0.07 0.02±0.09 0.01±0.05
RGDT01 0.01±0.14 0±0 0.02±0.17
SSEF01 0.01±0.1 0±0 0.02±0.13
JAKJEI01 0.01±0.11 0±0 0.02±0.13
Intestinibacillus 0.01±0.05 0±0.01 0.02±0.06
RGIG8482 0.01±0.08 0.03±0.13 0±0.02
CADEED01 0.01±0.08 0±0 0.02±0.09
JAAZKV01 0.01±0.1 0±0 0.02±0.12
Morganella 0.01±0.09 0±0 0.02±0.11
JAEZVV01 0.01±0.09 0.03±0.16 0±0
HGM16780 0.01±0.05 0.01±0.05 0.01±0.05
JAJQEJ01 0.01±0.04 0.03±0.06 0±0.01
JAAYCI01 0.01±0.04 0.01±0.04 0.01±0.04
UBA9973 0.01±0.09 0±0 0.01±0.11
Cardinium 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
Rahnella 0.01±0.06 0±0 0.01±0.07
Brevinema 0.01±0.06 0.01±0.04 0.01±0.07
Polynucleobacter 0.01±0.03 0±0 0.01±0.04
JAGQMS01 0.01±0.03 0±0 0.01±0.04
Methylopumilus_A 0.01±0.04 0±0 0.01±0.05
UBA8529 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
UBA11704 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
Lumbricidophila 0.01±0.05 0±0 0.01±0.07
Flavobacterium 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
UBA10108 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
Rhodoferax 0±0.03 0±0 0.01±0.04
Acinetobacter 0±0.04 0±0 0.01±0.04
C7867-006 0±0.04 0±0 0.01±0.05
MWCR01 0±0.02 0±0 0.01±0.03
2-01-FULL-39-10-A 0±0.03 0±0 0.01±0.04
Aurantimicrobium 0±0.01 0±0 0±0.02
Cetobacterium_A 0±0.02 0.01±0.03 0±0
JACRJP01 0±0.02 0±0 0±0.02
Vogesella 0±0.01 0±0.02 0±0 
genus_summary %>%
  #    left_join(sample_metadata,by=join_by(sample==sample)) %>%
  mutate(genus=factor(genus, levels=rev(genus_summary_sort %>% pull(genus)))) %>%
  filter(relabun > 0) %>%
  ggplot(aes(x=relabun, y=genus, group=genus, color=phylum)) +
  scale_color_manual(values=phylum_colors) +
  geom_jitter(alpha=0.5) + 
  facet_grid(.~season)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text = element_text(size=6),
    )+
        labs(y="Genus", x="Relative abundance", color="Phylum")

5.1.4 Archaea

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